Модель iPhone SE оснащена 64-битным процессоров A9, который также используется в моделях iPhone 6s и iPhone 6s Plus, и обеспечивает в два раза большую производительность CPU и в три раза большую производительность GPU нежели модель iPhone 5s. Интегрированный в чип A9 сопроцессор движения M9 обеспечивает работу множества функций с экономным режимом расхода энергии, в том числе, при запуске голосового общения "Hey Siri" без необходимости брать смартфон в руки.

Модель iPhone SE обеспечивает более быструю работу с Wi-Fi и LTE по сравнению с iPhone 5s. Модем iPhone SE поддерживает большее число диапазонов LTE для максимально удобного роуминга по всему миру с поддержкой голосовых звонков через LTE и Wi-Fi.

Смартфон iPhone SE работает под управлением iOS 9 и поставляется с традиционными предустановленными приложениями вроде Messages, FaceTime, Photos, Music и Maps. iPhone SE оснащён 12-Мп цифровой камерой iSight с технологией Focus Pixel для быстрой фокусировки, и поддерживает расширенные возможности шумоподавления, локальной коррекции тонов от сторонних производителей и функцию определения лиц. Модель iPhone SE также поддерживает знаменитую функцию анимированных фотографий Live Photos.

Встроенная камера поддерживает возможность съёмки видео с качеством до 4K (3840 x 2160 пикселей) и последующим редактированием на любых совместимых платформах, а с помощью утилиты iMovie на iPhone SE можно редактировать два независимых 4K-потока одновременно.

Новинка также поддерживает вспышку Retina Flash с функцией True Tone, возможность создания 63-Мп панорамных фото, захват 1080p видео со скоростью 60fps или 240fps для замедленного воспроизведения, а также покадровую съёмку (time-lapse) с функцией стабилизации.

Смартфон iPhone SE будет доступен в рознице в сером, золотистом, серебристом и нежно-золотистом исполнении в версиях с 16 Гб и 64 Гб памяти по цене от $399. Помимо этого, также будут доступны дополнительные аксессуары Apple для нового смартфона, включая кожаные чехлы чёрного и тёмно-синего цвета ($39). Совместимые док-станции Lightning Docks уже доступны в магазинах по цене $49).